电泳缓冲液（running buffer）在电泳过程中的一个作用是维持合适的pH。电泳时正极与负极都会发生电解反应，正极发生的是氧化反应，负极发生的是还原反应，长时间的电泳将使正极变酸，负极变碱。一个好的缓冲系统应有较强的缓冲能力，是溶液两极的pH保持基本不变。 电泳缓冲液的另一个作用是使溶液具有一定的导电性，以利于DNA分子的迁移。 此外，电泳缓冲液中含有的EDTA，能够螯合Mg²⁺ ，抑制DNase，保护DNA，防止Mg²⁺离子与核酸生成沉淀。常见的核酸电泳缓冲液有：TAE、TBE和TPE等。

     TBE的特点是缓冲能力强，长时间电泳时可选用TBE，并且当用于电泳小于1kb的片段时分离效果更好。TBE用于琼脂糖凝胶时易造成高电渗作用，并且因与琼脂糖相互作用生成非共价结合的四羟基硼酸盐复合物而使DNA片段的回收率降低，所以不宜在回收电泳中使用。