电泳缓冲液（running buffer）在电泳过程中的一个作用是维持合适的pH。电泳时正极与负极都会发生电解反应，正极发生的是氧化反应，负极发生的是还原反应，长时间的电泳将使正极变酸，负极变碱。一个好的缓冲系统应有较强的缓冲能力，是溶液两极的pH保持基本不变。 电泳缓冲液的另一个作用是使溶液具有一定的导电性，以利于DNA分子的迁移。 此外，电泳缓冲液中含有的EDTA，能够螯合Mg²⁺ ，抑制DNase，保护DNA，防止Mg²⁺离子与核酸生成沉淀。常见的核酸电泳缓冲液有：TAE、TBE和TPE等。

   TAE是使用最广泛的缓冲系统。其特点是超螺旋在其中电泳时更符合实际相对分子质量（TBE中电泳时测出的相对分子质量会大于实际分子质量），且双链线状DNA在其中的迁移率较其他两种缓冲液快约10%，电泳大于13kb的片段时用TAE缓冲液将取得更好的分离效果，此外，回收DNA片段时也易用TAE缓冲系统进行电泳。TAE价格低廉，但长时间电泳（如过夜）不可选用，除非有循环装置使两极的缓冲液得到交换。