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SimpleChIP? Human CCND1 Promoter Primers

 
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描述:

SimpleChIP® Human CCND1 Promoter Primers包含一对正向和反向的PCR引物,该对引物特异性针对人CCND1启动子区域。这些引物能用来扩增经染色质免疫沉淀法(ChIP)分离出的DNA。该引物已经用SYBR® Green quantitative real-time PCR进行优化,并且用SimpleChIP® Enzymatic Chromatin IP Kits #9002 and #9003 和CST公司的ChIP验证抗体进行测试。CCND1基因编码细胞周期蛋白D1(Cyclin D1),该蛋白是保守的细胞周期蛋白家族的成员,在乳腺癌中常常有过量表达。染色质免疫沉淀(chromatin immunoprecipitation ,ChIP)分析是一个有力且通用的技术,能用来探测细胞内天然染色质环境中的蛋白质-DNA相互作用(1,2)。这种分析能用于鉴定多种与基因组某个特定区域相关的蛋白,或者鉴定基因组中许多与某种特殊蛋白结合的区域(3-6)。ChIP能确定募集到基因启动子的多种蛋白的特异的顺序,或者“度量”整个基因位点特定的组蛋白修饰的相对数量 (3,4)。除了组蛋白外,ChIP还能用于分析转录因子与辅助因子、DNA复制因子和DNA修复蛋白的结合。当进行ChIP 分析时,细胞首先用甲醛固定,甲醛是一种可逆的蛋白质-DNA交联剂,它可以“保存”在细胞内进行的蛋白质-DNA相互作用 (1,2)。然后将细胞裂解,收集染色质并用超声波或酶消化成片段,片段的染色质用特异性针对特定蛋白或组蛋白修饰的抗体进行免疫沉淀。任何与蛋白或有关组蛋白修饰相关的DNA序列都会作为交联染色质复合物的一部分与其共沉淀,并且该DNA序列的相对数量会在免疫选择过程中增加。在免疫沉淀之后,蛋白质-DNA交联将逆转,DNA就被纯化了。标准PCR或实时定量PCR经常用于测量进行蛋白质特异免疫沉淀后特定DNA序列的富集量(1,2)。另外,ChIP分析能选择性地与基因组微阵列技术 (ChIP on chip)、高通量测序技术(ChIP-Seq)或克隆策略相结合,它们都能进行蛋白质-DNA相互作用和组蛋白修饰的全基因组分析(5-8)。经过实时定量PCR优化,SimpleChIP® primers是ChIP分离的DNA扩增的最佳引物,并且提供用于确认一个成功的ChIP实验的阳性对照和阴性对照。

  1. Orlando, V. (2000) Trends Biochem Sci 25, 99-104.
  2. Kuo, M.H. and Allis, C.D. (1999) Methods 19, 425-33.
  3. Agalioti, T. et al. (2000) Cell 103, 667-78.
  4. Soutoglou, E. and Talianidis, I. (2002) Science 295, 1901-4.
  5. Mikkelsen, T.S. et al. (2007) Nature 448, 553-60.
  6. Lee, T.I. et al. (2006) Cell 125, 301-13.
  7. Weinmann, A.S. and Farnham, P.J. (2002) Methods 26, 37-47.
  8. Wells, J. and Farnham, P.J. (2002) Methods 26, 48-56.


注意事项:

Storage: Supplied in nuclease-free water at a concentration of
5 μM (each primer is at a final concentration of 5 μM). Store at
-20°C.


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